PIKC3A,KRAS,EGFR,BRAF等基因的突变已经广泛应用于临床用药的指导，除二代测序外，QPCR和数字PCR及焦磷酸测序都可以用于突变检测的进一步验证。

随着基因组学研究的深入和测序技术的飞速发展，单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）和基因突变检测已成为现代医学、遗传学和生物技术领域的重要工具。这些技术不仅帮助我们理解人类遗传多样性，也为疾病诊断、个性化医疗和药物开发提供了关键支持。

基本概念

1. 单核苷酸多态性（SNP）

SNP是指基因组DNA序列中单个核苷酸的变异，这些变异在人群中出现的频率大于1%。例如，一个DNA片段在大多数个体中可能是"AGCTA"，而在某些个体中则可能是"AGCTA"（第三个位置的C变为T）。SNP是人类基因组中最常见的遗传变异形式，约占所有已知多态性的90%。

2. 基因突变

基因突变是指DNA序列发生的永久性改变，包括点突变（单碱基改变）、插入、缺失、倒位和易位等。与SNP不同，突变通常指频率低于1%的变异，且多数与疾病状态相关。突变可以是遗传的，也可以是后天获得的（如体细胞突变）。

检测原理与技术

1. Sanger测序：作为金标准，能准确检测SNP和突变，但通量低、成本高，适合小规模研究。

2. 限制性片段长度多态性（RFLP）：利用限制性内切酶识别特定序列的特性，通过酶切片段长度差异检测突变，但只能检测影响酶切位点的变异。

3. 微阵列芯片技术：通过设计特异性探针，可同时检测数十万至数百万个SNP位点，具有高通量、自动化程度高的特点。

4.下一代测序（NGS）：包括全基因组测序、全外显子组测序和目标区域测序，能全面检测已知和未知变异，已成为研究复杂疾病的重要工具。

5.实时荧光定量PCR（qPCR）：通过特异性引物和探针，结合熔解曲线分析，快速检测特定突变，适用于临床诊断。

6. 数字PCR（dPCR）：将样本分割成数万个微反应，通过终点检测提高稀有突变检测的灵敏度，适用于液体活检等应用。

7. 焦磷酸测序：直接读出目的位点比例，适用于混合样品筛查或者突变比例超过5%的样品。

实际应用

1. 临床医学与精准医疗

疾病诊断：CFTR基因突变检测用于囊性纤维化诊断，BRCA1/2突变检测评估乳腺癌和卵巢癌风险。

药物基因组学：CYP2C19基因型指导氯吡格雷用药，HLA-B5701筛查预防阿巴卡韦过敏反应。

新生儿筛查：通过基因检测早期发现苯丙酮尿症、地中海贫血等遗传病。

2. 肿瘤学应用

肿瘤分子分型：EGFR、ALK、BRAF等驱动基因突变检测指导靶向治疗选择。

液体活检：通过检测循环肿瘤DNA（ctDNA）中的突变监测肿瘤动态和耐药性。

微卫星不稳定性（MSI）检测：指导免疫检查点抑制剂治疗和林奇综合征筛查。

3. 农业与畜牧业

分子标记辅助育种：利用与优良性状相关的SNP加速作物和家畜品种改良。

抗病性研究：识别与疾病抵抗力相关的遗传标记。

4. 法医学与亲子鉴定

个体识别：通过检测多个SNP位点建立DNA指纹，用于刑事侦查和灾难遇难者识别。

祖先推断：利用祖先信息标记（AIMs）SNP推测个体的地理或族群来源。

5. 药物开发

靶点发现：通过GWAS识别疾病相关基因作为潜在药物靶点。

临床试验分层：根据患者基因型分组，提高临床试验效率和成功率。