长链非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）是一类长度超过200个核苷酸的非编码RNA分子，在基因表达调控、表观遗传修饰、细胞分化及疾病（如癌症、神经退行性疾病等）中发挥重要作用。由于lncRNA表达量通常较低且存在多种剪接变体，其检测需要高灵敏度和特异性。实时荧光定量PCR（quantitative PCR, qPCR）是目前lncRNA检测的常用方法，具有高灵敏度、高特异性和可定量等优势。

lncRNA qPCR检测的原理

1.lncRNA的特点

- 长度较长（>200 nt），通常存在多个外显子和剪接变体。 

- 表达量较低，通常低于mRNA，需高灵敏度检测方法。 

- 组织特异性强，不同细胞或疾病状态下表达差异显著。 

2.qPCR检测lncRNA的策略

由于lncRNA结构与mRNA类似，其qPCR检测策略与mRNA相似，但需注意以下几点：

1. 引物设计需跨越外显子-外显子连接区：避免基因组DNA污染干扰。 

2. 检测特定剪接变体：针对不同转录本设计特异引物。 

3. 提高检测灵敏度：优化逆转录和qPCR条件。 

检测方式

- SYBR Green法： 

  - 成本低，适用于初步筛选，但需熔解曲线分析验证特异性。 

- TaqMan探针法： 

  - 特异性更高，适用于低丰度lncRNA或多重检测。 

lncRNA qPCR实验流程

1 样本准备（总RNA抽提质检）

2 逆转录（RT）

3 qPCR扩增

4 数据分析

lncRNA qPCR的应用

1 基础研究

- lncRNA表达谱分析：比较不同组织或疾病状态下的lncRNA表达差异。 

- 功能研究：CRISPR敲除或过表达lncRNA后检测表型变化。 

2 临床诊断

- 癌症生物标志物：如HOTAIR（乳腺癌转移）、PVT1（多种癌症高表达）。 

- 神经退行性疾病：如NEAT1（阿尔茨海默病相关）。 

3 药物开发

- lncRNA靶向治疗：如ANRIL抑制剂（心血管疾病）。 

- 药物响应预测：如CCAT1与化疗耐药性相关。