环状RNA（circular RNA, circRNA）是一类共价闭合环状的非编码RNA分子，具有组织特异性表达模式，在基因调控、疾病发生发展（如癌症、神经系统疾病）中发挥重要作用。由于circRNA的特殊结构（无5'帽和3'poly(A)尾），其检测需要特殊方法。实时荧光定量PCR（qPCR）是circRNA检测的常用技术，具有高灵敏度和特异性。

circRNA qPCR检测原理

1.circRNA的结构特点

- 共价闭合环状结构：无游离5'和3'端

- 由反向剪接（backsplicing）形成：下游剪接供体（SD）与上游剪接受体（SA）连接

- 高度稳定：抵抗RNase R消化

- 无poly(A)尾：不能使用oligo(dT)逆转录

2.检测策略

特异性引物设计

-   跨反向剪接位点（backsplice junction, BSJ）：

  - 正向引物：跨越剪接受体（SA）区

  - 反向引物：跨越剪接供体（SD）区

  - 进行BLAST比对，确保仅扩增circRNA而非线性同源RNA

实验流程

1 样本准备

2逆转录

3. qPCR扩增

4. 数据分析

应用领域

1 疾病标志物开发

- 癌症：

  - hsa_circ_0000199（胃癌）

  - hsa_circ_0001649（肝癌）

- 神经系统疾病：

  - ciRS-7（阿尔茨海默病）

2 功能机制研究

- miRNA海绵作用（如CDR1as/miR-7）

- 蛋白质互作研究

3 临床诊断

- 液体活检（血浆外泌体circRNA检测）